V úvodu táto části je provedeno shrnutí informací o odkalištích v okolí Mydlovar, neboť jde o nejvýznamnější a dlouhodobý problém v oblasti životního prostředí.
Výstavba úpravny uranových rud byla zahájena v roce 1959. Zpracování rud započalo 1.10.1962 a kapacita byla postupně rozšířena z 300 tisíc t až na 600 tisíc t/rok. Zpracování rud bylo ukončeno 1.11.1991. Celkově bylo zpracováno16 745 835 t uranové rudy s průměrným obsahem uranu 0,184% ve dvou hlavních technologických linkách kyselé 3/4 a alkalické1/4. Vyloužená ruda byla ukládána v odkalištích, které využívaly prostory po těžbě lignitu, která zde probíhala v letech 1910 až 1973. Plocha odkališť zaujímá 227 ha, ale na katastru obce Mydlovary jich leží jen asi čtvrtina.
Po ukončení uranové činnosti na MAPE byly do roku 1994 zavedeny náhradní výroby a od té doby jsou výrobní objekty nevyužívané. Areál chemické úpravny byl rozdělen na dvě části, privatizovatelnou západní část zahrnující nekontaminované objekty a neprivatizovatelnou část zahrnující výrobní objekty, kde bude nejpravděpodobněji provedena lesotechnická rekultivace.
S problematikou sanace je úzce svázáno nakládání s odkalištními vodami, neboť bez odstranění vody z kaliště nelze sanaci ukončit. Čištění drenážních vod bude nutné jak po dobu sanace, tak po jejich skončení, kdy bude docházet k postupnému uvolňování vody vázané na vylouženou rudu. Odhad doby čištění drenážních vod je kolem 100 let.
Po ukončení zpracování uranové rudy docházelo k trvalému nárůstu volných vod odkališť, proto byla vybudována čistírna drenážních vod a obnoven odvod vyčištěné vody do Vltavy.
Odkaliště vyloužené uranové rudy jsou cizorodým prvkem v krajině ohrožujícím své okolí radioaktivitou, prašností a průsaky cizorodých látek. Nejvýznamnější je riziko inhalace kontaminantů v prašném spadu, působení radonu ze vzduchu a celkové zevní expozice radionuklidy, kde vychází roční úvazek efektivní dávky okolo 200 mikroSV/rok.
Sanační práce probíhají od roku 1986 a nejdále pokročily práce na odkalištích KI a KIII.
Cílem sanace je tedy začlenění zasanovaných odkališť a neprivatizovatelné části chemické úpravny do krajiny, zahlazení následků uranové činnosti, omezení kontaminace podzemních vod a snížení radiační zátěže území.
Pro sanaci jsou potřebné výplňové materiály k doplnění odkališť a ke konečnému střechovému či úžlabnímu tvarování sanovaného objektu zajišťujícímu přirozené gravitační odtoky dešťových vod.
Překrytí kališť je navrhováno ve složení izolační vrstva s dlouhodobou funkcí okolo 200 let 0,6 m, drenážní vrstva 0,2 m, krycí vrstva z inertního materiálu 0,6-0,8 m a biologicky oživitelná vrstva 0,2 m.
Konečná biologická rekultivace odkališť se předpokládá jako travní se skupinovou výsadbou mělce kořenících dřevin s ponechanou spojenou akumulační nádrží drenážních vod a odkalištích vod.
Konečné využití území je uvažováno jako možný prvek ÚSES umožňující nerušený rozvoj společenstva.
Potřeba materiálu na sanaci je předpokládána okolo 8 miliónů tun či 7 miliónu m3, což při plánované ročním uložení 200 tisíc tun vychází doba sanace a rekultivace na 40 let. Zásadním problémem je dostupnost sanačních materiálů a podle obcí v okolí odkališť i doprava po stávajících silnicích III. tříd, které vedou obcemi a mají nevyhovující parametry. Návrhy přeložek jsou zahrnuty do územních plánů obcí, ale pro přeložku Mydlovar nejsou předpoklady co se týče frekvence dopravy.
Sanace odkališť souvisí i se sanací odkaliště popílků Triangl bývalé elektrárny Mydlovary.
Dobu sanací odkališť lze odhadnout v optimálním případě na 20 let, v opačném případě na více jak 40 let a celkové náklady na 2 miliardy Kč.
Situace v oblasti životního prostředí se v období 1996-2004 jak v obci samé, tak na katastru obce zlepšila. Ve vlastní obci bylo nejvýznamnějším počinem zbourání zdevastované zemědělské usedlosti č.p.7, jejíž součástí byl vepřín, provedené v roce 2003. Na katastru pak pokračující sanace odkališť a postupné odstraňování objektů spjatých s chemickou úpravnou , například odstranění parovodu z Elektrárny na MAPE.
V minulém období byla také prováděna údržba zeleně a dosazovaní stromů a keřů jak na návsi, tak například podél cesty do Kolonie či v lokalitě U třech dubů.
