Obec Mydlovary leží na 49. stupni severní šířky a na 14. stupni východní délky v Jihočeském kraji, 20 km severozápadně od Českých Budějovic.
Do roku 1920 tvořila se Zahájím jednu místní (politickou) i katastrální obec pod jménem Mydlovary. Název obce Mydlovary je patrný z místa kde se vařilo mýdlo.